【从第零卷·黑历史篇截至第一卷前略·不知何时进入了幻想乡·终章】
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【注1：严正警告，未看正文的请赶紧叉掉，本篇内含严重剧透。】
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【注2：纪年表内只记录了故事主线中的小部分事件，并不完全。】
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幻想历301年1月1日，先代博丽巫女意外死亡，博丽大结界受创。巫女的养女——12岁的灵梦继承博丽巫女之位。
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幻想历301年1月2日，上白泽慧音应八云紫要求隐藏掉了尚未成长的巫女博丽灵梦的全部历史，其存在被除八云紫和慧音之外的所有人忘记。
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幻想历301年5月21日，莫茗意外来到幻想乡，并被八云紫要挟照顾小巫女灵梦，成为家庭教师。
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幻想历301年5月22日，莫茗做的锅巴卖了一枚金锭。同日，莫茗向博丽灵梦作以自我介绍。
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幻想历301年6月2日，莫茗前往村子里考察夜市，第一次与小夜雀妖怪米斯蒂娅·萝蕾拉相遇，并解决了对方的困境。
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幻想历301年6月12日，莫茗决定前往村里夜市摆摊营生来养活自己和小巫女，并获赠阴阳玉作为防身物。
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幻想历301年6月24日，莫茗打算买一头奶羊以提供给灵梦新鲜的羊奶当早餐和晚餐。但考虑到财政问题，次日仅购买了一只小羊羔拴在了神社后院。
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幻想历301年6月27日，博丽灵梦第一次在莫茗面前头痛发作，求医无果后莫茗与八云紫首次交涉，并了解到了信仰对于巫女的重要性。
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幻想历301年7月1日，博丽灵梦前往魔法森林寻找已经忘记掉她的存在的雾雨魔理沙。二人再次成为朋友。
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幻想历301年7月2日，雾雨魔理沙造访神社，并认识了灵梦的老师莫茗。
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幻想历301年7月19日，八云紫修补博丽结界初步完成，交给式神八云蓝打理。同日，八云紫前往博丽神社向博丽灵梦提出开始巫女的修行。
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幻想历301年7月25日，魔理沙与莫茗在神社的玄关前小憩，看着飞在天空中进行修行的灵梦，魔理沙下定决心要提前学会使用扫把飞行。同日，在灵梦的帮助下魔理沙第一次飞上了天空。
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幻想历301年7月25日，莫茗拜访村里名家稗田氏第九代当家，进一步了解了博丽的往事，并从稗田阿求的口中得知了博丽札记的存在。
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幻想历301年8月20日，博丽灵梦又一次在上课时头痛发作。同日，莫茗在杂货间找到了博丽札记，从其上的记载中知道了巫女可以自由开启博丽结界以使他人往返外界。
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幻想历301年10月2日，莫茗在村子里认识了另外一名外来人，一名来自于另一个世界的科学家，并因此了解到了异世界存在的可能性。
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幻想历301年12月21日，在一次八云紫拜访神社时莫茗表示灵梦已经学的很不错，很好的成长为了一个普通的女孩。自己也已经打算不久之后返回外界，并告知自己对于博丽巫女的信仰问题也许有了可行的解决办法。
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幻想历301年12月29日，莫茗前往雾之湖的大图书馆，了解了世界之间时间演变的差异，并从科学家出求证了自己的一些设想。
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幻想历302年2月1日，莫茗再次找到八云紫，提出了在大结界上刻画法阵从异世界汲取信仰的详细方案，被八云紫接受采纳。
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幻想历302年4月，在八云紫忙于在大结界上刻画接收信仰的法阵这段期间，莫茗不断往返大图书馆，暗中与科学家研究自主选择穿越到高度不对等时间比的异世界的方案，且最后拜托帕秋丽制作了一个特殊用途的魔法卷轴。
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幻想历302年5月20日，莫茗与灵梦坐在神社的玄关前小憩时，拒绝了灵梦想让其成为式神的邀请，并约定了“如果可能的话，会尽量（在死之前）赶回幻想乡”。同日，博丽灵梦在谈话中受到启发，为“弹幕机制”的诞生埋下伏笔。
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幻想历302年5月22日，莫茗与灵梦参加了太阳花田一处妖怪们的宴会。莫茗从八云紫处确定了法阵已经刻画完成后，故意激怒八云紫，以保证自己能被灵梦通过开启结界送至异世界。同日，莫茗从八云蓝处收到了一颗可以延缓衰老的丹药。
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幻想历302年5月23日，莫茗收下了灵梦头上的缎带，包含着巫女的祝福的礼物，作为临别赠礼，在博丽灵梦开启大结界后悄悄离开了幻想乡。
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【第零卷·以上】
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幻想历303年11月1日，在一次修行的较量中灵梦与使出了八成实力的八云紫打成平手。察觉到蹊跷的八云紫追踪莫茗至异世界，发现了莫茗的所作所为。此刻莫茗已然身故。
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幻想历303年12月1日，至此日其灵梦每时每刻收到的信仰约为2100亿单位（一个普通人提供1单位的信仰）。返回至幻想乡的八云紫发现灵梦已经成为了半神之躯，察觉到不妙后再次前往异世，教给了已故的莫茗的一名养女——正在学习魔法的女孩成为不老的魔女的方法。并传授了她一些人体炼成的知识。同日，八云紫囚禁住莫茗未散的灵魂并将其勉强复活后带回幻想乡。
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幻想历303年12月20日，八云紫以慧音当初答应的“三个条件”为要求请慧音隐藏了莫茗在幻想乡中存在过的历史。
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幻想历303年12月25日，灵梦发现莫茗出现在了幻想乡，却骇然的发现他只是看起来像个活人的已故之人。
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幻想历303年12月26日，灵梦为了试探莫茗是否还有之前的记忆，在村里的招工板上写下了“招收会做五十种以上菜品任劳任怨的杂工而且不发工资”的离谱招聘信息。
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幻想历303年12月27日，等不及的灵梦找到了八云紫质问，不想八云紫竟如实以告。最终灵梦暗地决定使用禁忌的术式“泰山府君祭”将莫茗复活。灵梦担心老师会因为那个术式所述“以己之命换亡者之命”的记载而拒绝，于是决定在莫茗真正被她复活之前装作互不相识。
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幻想历303年1月3日，莫茗以为自己被某国军方控制而深陷囫囵，潜逃至魔法之森后遭到了暗之妖怪露米娅的袭击，被藤原妹红所救。次日，莫茗接受了自己穿越了的事实，并阅读了第八代稗田氏所著《幻想乡缘起》。
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幻想历303年1月20日，身体康复的莫茗决定在寺子屋求职，慧音秒同意，莫茗又一次成为了老师。
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幻想历303年2月2日，愉快的冬季即将过去，大妖精和琪露诺的朋友蕾蒂再次陷入沉睡。两只妖精又要开始四处寻找野菜充饥、挨饿直到下个冬季的来临。
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幻想历303年2月4日，灵梦第一次以“博丽巫女”的名义四处拜访妖怪势力，并提出了自己设想了很久的“弹幕机制”，因为其“虚有其表的华丽却并不实用”而遭到了部分妖怪的抵触。
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幻想历303年2月11日，灵梦为自己的“弹幕机制”中添加了“符卡机制”并完善了战斗前的宣言制定。受其拜托，八云紫找上了风见幽香、上白泽慧音等少数几个大妖怪进行宣传说服。
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幻想历303年2月12日，慧音消去了对博丽灵梦的历史的隐藏，博丽巫女的历史再次出现在众人记忆中。
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幻想历303年2月10日，莫茗前往铃奈庵借书，小老板娘本居小铃向莫茗推荐了一本自己写的恋爱小说。
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幻想历303年2月21日，莫茗跟着一帮学生来到博丽神社去看传说中的美少女博丽灵梦，未果。只见到了雾雨魔理沙。
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幻想历303年2月21日，莫茗在饭桌上提起博丽巫女，慧音提议组织学生去神社参观修学旅行。
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幻想历303年2月26日，稗田小鹰为了学会五十种料理技巧而成为博丽神社的杂工，向莫茗请教厨艺，被莫茗拒绝。当夜，夜市上莫茗招待了酒后失态的上白泽老师，令其尴尬不已。
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幻想历303年2月28日，八云紫找上了莫茗，并拒绝了莫茗关于“让自己返回外界”的请求。又提出了只要他愿意在几天后的宴会上唱一首羞耻PLAY的歌曲则又可以再行考虑。
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幻想历303年3月1日，莫茗、慧音、妹红、小铃、琉璃、小鹰、三宅、村上、佐佐木一伙前往神社拜访。正碰上了刚从妖怪山赶回来而一身血污的博丽巫女。宴会期间，莫茗演唱了《猫巫女灵梦》。莫茗与灵梦首次对话，询问了出去的方法未得到答复，却发现了许多疑惑之处。在宴会自由互动时参拜了神社并塞了钱，被巫女赠送了一个名为阴阳玉的物件作为护身符。
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幻想历303年3月1日，宴会期间本居小铃提出了玩一个克苏鲁神话系列的桌游，众人兴致勃勃。
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幻想历303年3月3日，莫茗从租书屋铃奈庵处的本居小铃口中问道了幻想乡里还有另外一名外来人，现在正在图书馆中作图书管理员。
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幻想历303年3月4日，莫茗中二病发作站在床上扔阴阳玉玩，结果另一端窥探的灵梦没忍住笑出了声。于是灵梦只好将错就错控制阴阳玉说话并承认自己有独立的人格。
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幻想历303年3月5日，在确认了阴阳玉的巨大威力后莫茗终于敢独自走出了村子。在山坡上睡到中午后首站前往红魔馆。因为目的地不是之前说好的博丽神社而致使阴阳玉灵梦怨念颇深。
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幻想历303年3月5日，与红魔馆的科学家下了三盘围棋，结果是无胜负。两人在村子里的夜市长谈，莫茗得知了前往外界的其他方法，而科学家则因为莫茗的话打消了向魔女帕秋丽求婚的念头。
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幻想历303年3月15日，灵梦准备好了泰山府君祭的一切前置工作，但是因为苦于不知该开口，纠结不已。
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幻想历303年3月18日，莫茗躺在村子外的山坡上晒太阳，先后碰上了小妖怪露米娅、琪露诺和大妖精，并向她们赠送了不少点心。琪露诺决定将剩余的点心用冰块动起来等到冬天给蕾蒂吃。
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幻想历303年3月22日，樱花盛开，众人再一次聚集在了博丽神社玩游戏。名为“克苏鲁神话”的TRPG角色扮演桌游，在八云紫设计的模组下，莫茗濒临身死，而此刻八云紫向灵梦提出了使用“泰山府君祭”来以命换命的游戏设定。
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幻想历303年3月22日，游戏中被道破心事的灵梦十分慌乱，决定不再继续玩了。然而莫茗还是向八云紫确认了泰山府君祭的相关事宜。夜里，灵梦找到八云紫质问，八云紫则提出“让所有人都幸福的结局是不存在的”，并说“不如去找你的老师确认他自己的想法”。
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幻想历303年3月23日，莫茗与阴阳玉的对话中提及了灵梦的老师。在一系列的交谈中，加上之前所发生的很多事件，莫茗推理出了事情的大概真相。
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幻想历303年3月24日，灵梦找上了莫茗，并告诉了他自己已经死亡的事实。然而在透露出自己有救活对方的方法之后，莫茗并没有如意料之中的立刻答应，而是请求灵梦给他一周的时间来做心理准备。
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幻想历303年3月26日，莫茗等到了来访的八云紫，并如所想般被告知了之前发生的全部事情。成为灵梦老师的事，以及他为了灵梦做的事。灵梦想要使用那个术式救活莫茗，但八云紫则另有打算。原来八云紫希望莫茗回到异世颠覆人们对博丽的信仰，否则总有一天灵梦会成为神祗而毁掉幻想乡，而在颠覆了博丽的信仰之后莫茗就没有了价值，则不值得灵梦再去牺牲什么换取他的活命。并不知道灵梦使用了“泰山府君祭”不会死，莫茗最终也只有答应八云紫的请求。
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幻想历303年3月27日，莫茗拿了许多甜点作为礼品，向本居小铃告别。
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幻想历303年3月27日，发觉莫茗消失在幻想乡的博丽灵梦立刻去找八云紫，然而发现八云紫并不在幻想乡内。
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幻想历303年3月28日，八云紫返回幻想乡，告诉了灵梦所有的事，并且告诉她“你的老师现在恐怕已经在外面死掉了。”
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幻想历303年3月28日，即使如此灵梦依旧固执的前往了异世界，并根据陪葬在坟墓里的那个缎带的位置，找到了莫茗的埋骨之地。
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幻想历303年3月28日，莫茗以21岁之身躯重获新生，博丽灵梦一夜白头。
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【第一卷·以上】